Liczba bakterii kolonizujących jelita (10^14 komórek) jest porównywalna z liczbą wszystkich komórek ciała i 10-krotnie przekracza liczbę komórek jądrzastych. Obecnie mikrobiotę określa się mianem „superorganu”, który wpływa na funkcjonowanie całego ciała. Mikrobiota odpowiada za rozwój i działanie układu immunologicznego, szczególnie odporności nieswoistej, rozwój bariery nabłonkowej jelit, indukcję przeciwzapalnego profilu cytokinowego, produkcję witamin (głównie z grupy B i witaminy K), trawienie i wchłanianie substancji pokarmowych i odżywczych, w tym minerałów niezbędnych do metabolizmu kości. 

Badania eksperymentalne na modelach sterylnych myszy (myszy germ-free, GF) wykazały, że mikrobiom jelitowy wpływa na aktywność osteoklastów. Stwierdzono, że brak mikrobiomu jelitowego może prowadzić do wzrostu masy kostnej i wykazano, że zwiększenie masy kostnej u myszy GF osiąga się głównie poprzez hamowanie osteoklastogenezy. Mikrobiota jelitowa może również wpływać na wchłanianie wapnia. W tym procesie dużą rolę ogrywają krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe (SCFA), które powstają na skutek fermentacji pod wpływem bakterii jelitowych i odpowiadają za funkcjonowanie bariery nabłonkowej jelita. 

Biorąc pod uwagę rolę mikrobioty jelitowej w patogenezie OP poszukuje się nowych możliwości modulacji jej składu i aktywności. W tym zakresie probiotyki mogą odgrywać znaczącą rolę. Probiotyki definiowane są jako żywe mikroorganizmy (najczęściej bakterie), które podawane w odpowiednich dawkach korzystnie wpływają na zdrowie gospodarza. Probiotyki z jednej strony modulują skład mikrobioty jelitowej, z drugiej bezpośrednio działają na organizm człowieka. Ostatnio opublikowane badania kliniczne pokazały, że probiotyki mogą wspomagać leczenie i profilaktykę OP1.  Randomizowane podwójnie zaślepione badanie kontrolowane placebo (RDBPC) pokazało, że doustna suplementacja kobiet w wieku postmenopauzalnym mieszaniną 3 szczepów Lactobacillus plantarum i Lactobacillus paracasei znamiennie statystycznie obniża T score w porównaniu do grupy kontrolnej.